Olá @mldev , obrigado pela resposta rápida.
Já vi vários vendedores reclamando de terem suas contas bloqueadas e atribuindo ao fato de usarem duas ou mais contas no mesmo dispositivo, por isso a minha preocupação, mas talvez fossem bloqueados por outro motivo e atribuiram erroneamente.
O termo de criação de conta do mercado livre dá muita ênfase que um usuário tenha um único cadastro, mas não aborda o cpf/cnpj diferente.
Entendo que o sistema de integração seja independente do vendedor, mas se eu quisesse que minha aplicação fosse homologada pelo ML por exemplo, eu deveria estar de acordo com todos os termos e não oferecer algo que seja uma forma de burlá-los, certo? Ainda vou verificar como funciona essa parte, primeiro eu precisava definir o escopo da aplicação.
Realmente não li toda a documentação ainda, pois essa situação de multiplas contas me deixou com um pé atrás e eu comecei a procurar outras alternativas. E eu não tinha percebido a barra de busca pequenina e branca quase camuflada no fundo amarelo do cabeçalho. Até vasculhei manualmente as 5 paginas dessa seção e os titulos não foram muito intuitivos pra relacionar com a minha situação (exceto um que tinha "várias lojas" no titulo).